موسسه پیام امام هادی علیه السلام با بیش از دو دهه فعالیت علمی و پژوهشی خود دستاورهای شایسته ای داشته است از جمله:   ۱- تصحیح و تحقیق کتاب المقنع شیخ صدوق (ره) که در سال ۱۳۷۴ چاپ شد در این اثر ثابت شد که این کتاب هم فقه است و هم حدیث (فقه مأثور) این کتاب به عنوان کتاب سال جمهوری اسلامی ایران برگزیده شد. ۲- تحقیق و تصحیح کتاب الهدایه شیخ صدوق (ره) که در سال ۱۳۷۹ چاپ شد این کتاب به عنوان کتاب سال جمهوری اسلامی ایران برگزیده شد. متن الهدایه نیز همچون المقنع، روایت بوده و از مصادر بحارالانوار می‌باشد. متن کتاب با چندین نسخه خطی مقابله وتصحیح شده است. مقدمه این کتاب، شامل کامل‌ترین شرح زندگانی مرحوم صدوق(ره) ومطالبی جدید از جمله درباره مشایخ صدوق(ره) می‌باشد. ۳- تحقیق و تصحیح کتاب منتخب الأنوار المضیئه فی ذکر الحجه (عج) در بخش امام مهدی (ع) انجام شد. این کتاب به عنوان کتاب برگزیده حوزه علمیه قم و کتاب برگزیده در سومین دوره کتاب سال ولایت ۱۳۷۹ و اثر ارزنده در نخستین جشنواره کتاب سال  ولایت ۱۳۸۷ در بخش فرهنگی مسجد مقدس جمکران معرفی شد. این کتاب منتخبی از کتاب الأنوار المضیئه است که از مصادر بحارالأنوار می‌باشد و در دوازده فصل پیرامون احوال حضرت مهدی (عجل‌الله تعالی فرجه الشریف) بحث می‌کند و شبهات درباره آن حضرت را پاسخ می‌دهد. ۴- تصحیح و تحقیق کتاب الإعتقادات شیخ صدوق (ره) که به عنوان برنده لوح و جایزه از جشنواره کتاب سال حوزه علمیه قم معرفی شد. کتاب الإعتقادات از قدیمی‌ترین و معتبرترین کتب اعتقادی شیعه بوده و بیش از ده قرن است که مورد توجه و عنایت علما، می‌باشد.این کتاب از نظر شیعه و علمای زمان شیخ صدوق (ره) به قدری حائزاهمیّت و مورد توجّه بوده که همه فرق اسلامی، شیعه را با این خصوصیّات شناسایی می‌کردند. عبارت روشن و رسا از جمله خصوصیات این متن وزین اعتقادی است، که با این قلم رسا نسبت‌های غیرصحیحی که بعضی از فرق به شیعه می‌دادند رد نموده و چهارچوبی صحیح و معتبر از اعتقادات شیعه امامیّه بیان کرده است. ۵- کتاب دعاء الندبه و توثیقه من الکتاب و السنه که در بیست و سومین دوره جایزه کتاب فصل پاییز ۱۳۹۱ برنده جایزه و… معرفی شد. مقام معظم رهبری در سال ۱۳۹۲ همزمان با ایام برپایی بیست وششمین نمایشگاه بین‌المللی کتاب تهران، ضمن بازدید از غرفه موسسه امام هادی علیه السلام در جریان تازه‌های نشر موسسه قرار گرفتند و پیرامون کتاب شریف “دعاء الندبه و توثیقه من الکتاب والسنه” فرمودند: “این کار، کار خیلی خوبی است“. در این کتاب سعی شده که تمام عبارت دعای ندبه با آیات قرآن و روایات تطبیق داده شود و روایاتی مثل یا مشابه متن دعا در پاورقی از روایات آورده شود تا اگر کسی احیاناً بخواهد در سند آن تردید کند به طور آشکار برای او روشن باشد که این متن مطابق با روایات اسلامی و اعتقادات شیعه می‌باشد. مقدمه‌ای وزین و علمی در اول کتاب پیرامون سند و تقویت آن آمده است، چون این کتاب مورد استفاده محققین قرار می‌گیرد چندین فهرست در آخر کتاب آورده شده است و می‌توان گفت چنین کتابی در زمینه دعای ندبه بی‌نظیر است، و در تقویت متن آن کمال دقت شده است، و برنده لوح و جایزه با رتبه برگزیده، ممتاز و رتبه اول و… گردید. ۶- تألیف کتاب موسوعه زیارات المعصومین (ع) در ۷ مجلد، که در هفتمین دوره کتاب سال ولایت، کتاب سال جمهوری اسلامی ایران و رتبه اول کتاب(در بخش تصحیح و تحقیق) اهل قلم اصفهان ۱۳۸۴ و کتاب برگزیده چهارمین جشنواره انتخاب کتاب رضوی ۱۳۹۰ معرفی شد. این مجموعه که در نوع خود بی‌نظیر است، شامل زیارات معصومین علیهم السلام اعم از مطلقه، مخصوصه، زیارات جامعه و… در پنج جلد و دو جلد دیگر، یکی به فهارس فنّی اختصاص یافته و دیگری مقدمه این مجموعه می‌باشد. زیارات هرکدام از معصومین علیهم السلام در باب‌های ذیل تدوین گردیده است: ۱- مختصر زندگی هرمعصوم ۲- فضل(مدینه، نجف، کربلا و…) ۳- فضل موضع قبر ۴- فضل زیارت ۵- زمان‌های مستحب زیارت ۶- آداب مستحب زیارت ۷- کیفیت زیارت ۸- آداب بعد از زیارت ۹- وداع. ۸- ناشر برگزیده سیزدهمین دوره همایش کتاب سال حوزه ۱۳۹۰ ۹- ناشر برتر در چهارمین جشنواره کتاب سال رضوی۱۳۹۰ ۱۰- موسسه پیام امام هادی علیه السلام در سال ۱۳۹۴ جزو ۱۰ مؤسسه برتر پژوهشی در حوزوه علمیه قم توسط معاونت پژوهشی حوزه علمیه قم معرفی شد و برنده لوح و جایزه شد. موسسه پیام امام هادی علیه السلام تلاش دارد فعالیت‌های پژوهشی خود را با علما، دانشمندان و صاحب نظران در میان گذاشته و در دیدار با آنان از راهنمایی‌های آنان بهره‌مند گردد و در این راستا چندین بار با  مقام معظم رهبری و نیز با حضرات آیات عظام شبیری زنجانی، وحید خراسانی، سیستانی، سبحانی، صافی گلپایگانی، مرحوم حاج شیخ جواد تبریزی؛ و…  دیدار داشته‌اند. برای اولین بار”کارگاههای آشنایی با متون و معارف زیارات المعصومین علیهم السلام” توسط مؤسسه در حوزه علمیه قم و اصفهان تشکیل شد و در این دوره‌ یک روزه به طور فشرده  برای شرکت کنندگان مسائل علمی و معرفتی پیرامون منابع زیارات، ‌مسائل اجتماعی و سیاسی در زیارات، اعتقادات در زیارات،‌اخلاق و تربیت در زیارات، و پرسش و پاسخ مطرح شد، و تاکنون بیش از هزار نفر از فضلا و طلاب سطح بالا در این دوره آموزشی شرکت کرده‌اند. تلفن تماس موسسه : ۰۲۵-۳۸۸۲۵۲۵۵ تلفن تماس انتشارات : ۰۲۵-۳۸۸۳۳۶۷۷