این دانشگاه دارای ۱۱ دانشکده و ۳ پژوهشکده، ۳ مرکز تحقیقات و ۱۱ هسته پژوهشی است.
دانشگاه محقق اردبیلی در سال ۱۳۵۷ با نام آموزشکده کشاورزی و با پذیرش ۳۸ نفر دانشجو در رشته کشاورزی عمومی، فعالیت‌های آموزشی خود را آغاز نمود. این مرکز آموزش عالی در سال ۱۳۷۱ از دانشگاه تبریز جدا و مدتی به صورت مجتمع آموزش عالی به فعالیت خود ادامه داده و در سال ۱۳۷۲ با تبدیل آن به دانشگاه تحت عنوان «دانشگاه محقق اردبیلی» موافقت به عمل آمد. تا سال ۱۳۷۸ در ساختار تشکیلاتی این دانشگاه فقط شانزده گروه آموزشی مصوب وجود داشت.
امروز این دانشگاه در ۲۷۳ رشته تحصیلی دانشجو پذیرش نموده و بیش از ۱۱ هزار نفر دانشجو دارد که در ۱۱ دانشکده مشغول به تحصیل هستند و از این تعداد، ۶۱ رشته در مقطع دکتری، ۱۲۸ رشته آن در مقطع کارشناسی ارشد و بقیه در مقطع کارشناسی و کاردانی می‌باشد و این دانشگاه با بهره‌گیری از تخصص بیش از ۳۹۵ عضو هیئت علمی تمام وقت بیش از پیش در جهت گسترش فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی گام برمی‌دارد. از برجسته‌ترین و شناخته‌شده‌ترین اعضای هیئت علمی این دانشگاه، که در طی این مدّت عهده‌دار مسئولیّت خطیر آموزشی در این موسّسهٔ آموزش عالی بودند، می‌توان از اساتیدی همچون دکتر مسعود گنجی، دکتر قدیر نوری قنبلانی، دکتر محمد نریمانی، دکتر عزیز حبیبی ینگجه، دکتر جمشید شیخ‌زاده مصدّق، دکتر حسین شایقی، دکتر حبیب شهبازی شیران، دکتر علی رسول‌زاده، دکتر هوشیار ایمانی کله‌سر، دکتر بهروز میرزایی ضیاپور، دکتر مصطفی رحیمی و دکتر یوسف عباسپور گیلانده نام برد.