¤ معاونت علمی
رسالت این معاونت، تحقیق و تدوین آثار علمی و آکادمیک در معرفی شیعه در ابعاد گوناگون بصورت تألیف یا ترجمه برای مخاطبان بین‌الملل می‌باشد. از دیگر وظائف آن می‌توان به موارد زیر اشاره نمود: رصد و نقد مهم‌ترین شبهات علمی، فرهنگی و اجتماعی در حوزه تشیع، مدیریت و حمایت از پروژه‌های پژوهشی همسو با اهداف، ایجاد فرصت‌های مطالعاتی برای محققین خارج از کشور، طراحی همایش‌ها، نشست‌ها و کرسی‌های دروس مرتبط با شیعه‌پژوهی و …
¤ معاونت همکاری‌های بین‌الملل
معاونت همکاری‌های بین‌الملل، شناسایی مؤسسات، مجامع، شخصیت‌های علمی و فرهنگی شیعه‌پژوه، همکاری با آنان به منظور برقراری ارتباط علمی دو جانبه و معرفی دقیق و نظام‌مند شیعه به مخاطبین را در دستور کار خود دارد.
رصد اخبار و رویدادهای علمی، فرهنگی و سیاسی مرتبط با تشیع، رصد نشست‌ها و همایش‌های علمی مرتبط در عرصه بین‌الملل، معرفی و عرضۀ مکتوب و الکترونیک آثار علمی و فرهنگی مؤسسه و سامان‌دهی و پاسخگویی ارتباطات مردمی و مخاطبین از دیگر وظائف این معاونت می‌باشد.
¤ معاونت رسانه و فضای مجازی
ارائۀ قالب‌های نوین و به روز جهت عرضۀ محتواهای تولید شده مطابق نیاز و درخواست مخاطبان مهم‌ترین مسئولیت این معاونت می‌باشد که این رسالت در قالب تولید و پخش برنامه‌های رسانه‌ای در عرصۀ تشیع علمی و فرهنگی و نیز ایجاد صفحات رسمی و گروه‌های مجازی با محوریت شیعه‌پژوهی پیگیری می‌گردد.
¤ معاونت برنامه‌ریزی و پشتیبانی
برنامه‌ریزی جامع و آینده‌نگر با همفکری و هماهنگی سایر معاونت‌ها به منظور کمک به حسن اجرای آن‌ها و نیز پشتیبانی مالی و اجرائی از کلیه برنامه‌های معاونت‌ها، از وظائف این معاونت می‌باشد.