ایده تأسیس آن از دبیرخانه عمومی حرم حسینى و گروهى از دانشگاهیان در شهر مقدس کربلا به وجود آمد. سیاست‌های راهبری حاکم بر موسسه:
چشم‌انداز علمی مرکز:
مرکز مطالعات و تحقیقات کربلا با یافتن زمینه‌ای مشترک برای برقراری ارتباط مستمر بین صاحبان اندیشه ، نظر و تصمیم و همکاری با کلیه نهادهای مشابه در سطح محلی ، منطقه‌ای و بین‌المللی به‌منظور دستیابی به اهداف مشترک ، مشتاقانه منتظر است که با توجه به مطالعات و تحقیقات انسانی و علمی مربوط به شهر مقدس کربلا ، نقشی فعال و مهم داشته باشد.
اهداف:
این مرکز باهدف توسعه دانش ، در همه زمینه‌ها به روشی کیفی که همگام با توازن فرهنگی انسان باشد و آنچه را که از طرق مختلف موجب تقویت بر اساس زمینه‌های فرهنگی و علمی مکتب اسلام اصیل و با توجه به موارد زیر فراهم کند:
1- توسعه فردی و اجتماعی با رصد واقعیت و معضلات اجتماعی آن ، جلب صلاحیت‌ها و ایجاد پروژه‌هایی بر اساس مجموعه‌ای از مطالعات با توجه به استانداردهای کاملاً مطالعه شده که موجب اعتدال ، اعتدال فکری و گفتگوی مدارا می‌شود.
2- توسعه علمی بامطالعه واقعیت علمی ، حمایت از تحقیقات موجود ، توسعه آنچه در دسترس است ، حمایت از ایده‌های نوظهور و تبدیل آنها از شکل نظری آنها به یک واقعیت عملی ، از مرحله آماده‌سازی برنامه‌های عملیاتی شروع می‌شود و با اجرای و برداشت نتایج اولیه پایان می‌یابد.
3- توسعه رسانه‌ای ، فرهنگی و آموزشی در همه اشکال آن ، چاپی ، دیداری ، شنیداری و الکترونیکی ، گشودن راه‌های خروج غیر سنتی جدید به جهان با تولید برنامه‌های نوآورانه.
4- توسعه اقتصادی و ساختن مدل برای پروژه‌های موجود با توجه به دیدگاه اقتصادی اسلام به‌عنوان نمونه‌ای از جهان ، به‌ویژه در بخش اقتصادی كشاورزی ، صنعت و خدمات ، و تجربه پروژه‌های حرم مطهر امام حسین (ع)
5- حمایت از فرهنگ آزادی و حقوق بشر در سراسر جهان.
6- توسعه فعالیت داوطلبانه و کار خیرخواهانه و پیوند دادن موسسات فعال در این زمینه در تمام سطوح محلی و بین‌المللی.
7-حفظ میراث دینی ، تاریخی و فرهنگی شهر مقدس کربلا و تأمین امنیت عبور از آن به آینده ، تا به وجهه روشن آن برسد.
8- توسعه و پشتیبانی تحقیقات پزشکی در تمام سطوح و تکمیل پروژه‌های پزشکی موجود و آینده با زیرساخت یک سیستم تحقیقات علمی پیشرفته.
9- برقراری ارتباط با دیگران از طریق گفتگوی تمدن‌های بشری و فرهنگ مردم ، باهدف جمع‌کردن فرقه‌ها و رد خشونت و فرقه‌گرایی.
این مرکز در ساختار سازمانی خود قرار دارد ، همان‌طور که در بروشور پیوست نشان داده‌شده است.
بخش‌های مرکز:
این مرکز با اتخاذ یک سیاست علمی مبتنی بر گروهی از واحدهای تحقیقاتی با اهداف و برنامه‌هایی که در خدمت پروژه خود برای پیشبرد همه ابعاد جامعه اسلامی است ، به دنبال دستیابی به رسالت خود است و این واحدها عبارت‌اند از:
- بخش برنامه‌ریزی استراتژیک:
این بخش اهداف استراتژیک ، مشاغل و فعالیت‌هایی را که باید برای دستیابی به این اهداف انجام شود ، با در نظر گرفتن متغیرهای داخلی و خارجی مرکز ، و مطالعه جامع و کامل آنها ، تعریف می‌کند.
- گروه آموزش و تحقیقات پیشرفته:
این بخش مربوط به گروهی از برنامه‌ها است:
الف- برنامه آموزش برای محققان جوان و کادر فنی فعال در جامعه (NGO ها / کارگران رسانه ها / نویسندگان / رهبران میانی).
ب- برنامه همکاری و پروژه‌های تحقیقاتی مشترک.
- بخش تحقیق و توسعه:
این بخش فعالیتهای مربوط به پروژه‌هایی را که در حیطه کار مرکز هستند ، مدیریت می‌کند و شامل مطالعات و پروژه‌های تحقیقاتی ارائه شده توسط مدیریت مرکز و نهاد مشاوره است ، تا راه حل های مناسب برای آنها پیدا کند و مراحل رسیدگی به آنها را با توجه به چشم‌انداز مرکز تعیین کند.
- بخش تألیف ، ترجمه و نشر:
این شامل یک گروه از واحدها است:
الف. واحد علوم اعتقادی. و واحد علوم کاربردی.
ب واحد خطبه های نماز جمعه. و ترجمه
ج واحد تاریخ و بیوگرافی. ج انتشارات
واحد فرهنگ عمومی اسلامی.
- گروه مطالعات رسانه و انفورماتیک:
این بخش مربوط به گروهی از برنامه‌ها است:
الف- برنامه ای برای تحلیل روند در رسانه های ماهواره ای و الکترونیکی و مقابله با آنها.
ب- برنامه هماهنگی رسانه ها و گسترش پایگاه نفوذ.
ج- برنامه توسعه وب سایت ، نشر الکترونیکی و بازاریابی وب سایت.
- فرهنگ اجتماعی و مبارزه با تروریسم:
این بخش مربوط به گروهی از برنامه‌ها است:
الف- برنامه مبارزه با افراط گرایی ، خشونت و تروریسم.
ب – برنامه فرهنگ جوانان.
ج- برنامه توسعه پایدار و مشارکت جامعه ، و برنامه‌های آن مطابق با چشم‌اندازها و ایده‌های مکتب اهل بیت (سلام الله علیها) منظم است.
پروژه‌های استراتژیک مرکز:
کار مرکز علمی بسیاری از پروژه‌های استراتژیک علمی را هدف قرار داده است که مهمترین آنها قابل دستیابی است.
1- پروژه نگارش دائر المعارف کربلا:
این مرکز از طریق دائرالمعارفی تحت کنترل های علمی دقیق ، عینی و جامع و مطابق با الزامات مرحله فعلی ، در صدد ثبت تاریخ شهر مقدس کربلا در تمام جنبه های مذهبی ، اجتماعی و سایر جنبه های آن است.
2- پروژه ردیابی خانه های امام حسین (علیه السلام) در داخل مرزهای عراق.
این یکی از پروژه‌های پیشگام است که این مرکز از سال 2014 میلادی تاکنون تصویب کرده است و در تلاش است تا خانه های جاده ای را که ابو احرار امام الحسین (علیه السلام) در انقلاب ابدی انسانی خود در سال 61 هجری قمری طی کرد ، نصب کند.
3- طرحی برای نوشتن دائرcالمعارف دیدار متبرک اربعین.
در این پروژه ، این مرکز به دنبال مستند کردن بازدید از اربعین و پیاده روی توسط عاشقان امام حسین (علیه السلام) از زمان حادثه تا تا به امروز و مستند کردن آن در مجامع بین‌المللی در میراث ناملموس برنامه حفظ میراث جهانی یونسکو (برنامه حافظه جهانی) است زیرا این یک مراسم مهم و جهانی در مسلمانان عراق است.