مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) در سال 1372 تأسیس گردید.
این مجموعه آموزشی از طلاب حایز شرایط به صورت داوطلب در قالب آزمونی، سنجش به عمل آورده و کسانی که شرایط شرکت در رشته‌های این مؤسسه را داشته باشند به عنوان دانش‌پژوه این مؤسسه مشغول به تحصیل می‌شوند.
این مؤسسه بیش از 14 رشته در مقطع کارشناسی دارد. گروه‌های علمی از قبیل روان‌شناسی، علوم سیاسی، علوم تربیتی و… را شامل می‌شود.
بخش‌ها
بر اساس آمار منتشره در کارنامه پژوهش مربوط به سال ۱۳۷۴ تا ۱۳۷۹هـ. ش، ۸۴ طرح در بخش پژوهش به تصویب رسیده‌است که از این بین تعداد ۳۹ طرح به انجام رسیده و خاتمه یافته‌است و ۴۵ طرح در دست اجراء و در حال انجام است.
در بخش ترجمه نیز در بخش عربی ۵۵ طرح به انجام رسیده‌است و ۲۳ طرح نیز در حال انجام و ترجمه‌است. در بخش انگلیسی نیز تا سال ۱۳۷۹هـ. ش ۱۳ طرح به انجام رسیده‌است.
اولین و مهم‌ترین مدیریت در حوزه معاونت پژوهش مدیریت پژوهش است که مسئولیت مستقیم دریافت، تصویب، حمایت و نظارت بر طرح‌های پژوهشی، برگزاری دوره‌های آموزشی لازم برای تحقیق، ترجمه مقالات و کتب مناسب و انتشار نشریات علمی و تخصصی را به عهده دارد برای انجام این وظایف، این مدیریت در ساختار جدید پژوهش، متشکل از ۵ اداره است که عبارت‌اند از: اداره امور محققان، اداره نظارت و ارزیابی طرح‌های تحقیقاتی، اداره ترجمه که شامل بخش عربی و انگلیسی است، اداره آموزش ضمن تحقیق و اداره نشریات علمی و تخصصی.
دومین مدیریت در حوزه معاونت پژوهش مدیریت تدوین متون است که با چهار اداره، وظایف تدوین و آماده‌سازی تحقیقات انجام شده را جهت انتشار انجام می‌دهد. این ادارات عبارت‌اند از: اداره تدوین متون درسی، اداره تدوین متون غیر درسی، اداره ویراستاری و اداره تایپ و امور فنی کتاب.
دومین معاونت؛ معاونت فناوری اصلاعات می‌باشد که در سال ۱۳۹۰ تأسیس شد. این معاونت پیش‌تر با نام معاونت اطلاع‌رسانی شناخته می‌شد.
نظارت بر پایگاه‌ها و شبکه رایانه‌ای مؤسسه، نظارت بر امور و عملیات سخت‌افزاری و نرم‌افزاری مؤسسه در زمینه‌های برنامه‌ریزی و اجرایی فناوری اطلاعات، مطالعه، ارزیابی و پشتیبانی وسایل، لوازم و ابزار سخت‌افزاری در جهت بالابردن سطح کارایی بخش‌های مختلف مؤسسه، پشتیبانی و اجرای کلیه امور سمعی و بصری برنامه‌های مؤسسه هم چون: همایش‌ها، نشست‌ها و برنامه‌های تالار، از وظایف و فعالیت‌های این معاونت است. معاونت فناوری اطلاعات از اداره کل پایگاه‌ها، اداره کل رایانه، اداره کل رسانه، دفتر مطالعات و تحقیقات فناوری اطلاعات، و مدیریت گسترش خدمات فناوری، تشکیل شده‌است.
مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) تحت نظارت عالیه مقام معظم رهبری «دامت‌بركاته» اداره می‌شود و رئیس و مدیر آن از سوی رهبر معظم انقلاب «مدظله‌العالي» تعيين می‌شود. اين امر مهم از سوی معظم‌له به فيلسوف و حكيم فرزانه حضرت استاد علامه محمدتقی مصباح يزدی «رضوان الله تعالی علیه» واگذار شده بود.
ايشان به‌عنوان يك فقيه، مفسر، فيلسوف، ژرف‌انديش متفكر و آينده‌نگر و صاحب‌نظر در مسائل اساسی اسلامی، از ديرباز، مسائل و مشكلات حوزه‌های علميه و نيازهای جامعه و نظام اسلامی را به صورت عميق شناخته و در راستای آن به ارائه طرح‌ها و برنامه‌های بديع پرداختند كه از آن جمله می‌توان به تأسيس مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمينی(ره) و هدايت، مديريت و توسعه كمی و كيفی آن اشاره کرد.
پس از رحلت آن پیر فرزانه هم اینک ریاست مؤسسه از طرف رهبر معظم انقلاب بر عهده حضرت آیت‌الله آقای حاج شیخ محمود رجبی واگذار شده است.